Das Ikonenmuseum ist ein Museum für sakrale Kunst des orthodoxen Christentums und befindet sich am östlichen Museumsufer, angeschlossen an das Museum Angewandte Kunst. Seit dem Jahr 2021 werden die Highlights der Sammlung in einer völlig neu inszenierten Dauerausstellung präsentiert. Die Ikonen und religiösen Objekte zeigen die große Vielfalt sakraler, orthodoxer Bildwelten von Russland, Griechenland oder Rumänien bis nach Ägypten, Syrien und Äthiopien. Die Sammlung ist aus einer Schenkung von Dr. Jörgen Schmidt-Voigt hervorgegangenen. Das Äthiopienkabinett mit kostbaren Handschriften, filigranen Kreuzen und farbenfrohen Ikonen ist die einzige Ausstellung zum äthiopisch-orthodoxen Christentum in Deutschland.